Allo fue, al menos desde el siglo XI, lugar de señorío nobiliario. Hacia 1064, Sancho IV el de Peñalén hizo entrega del monasterio de San Miguel a la abadía de Irache, y más adelante la abadía recibió también varios collazos y un molino en la villa. A principios del siglo XII, Allo formó parte, junto con Aranaz, de la tenencia regida por Sancho Fortuñones.

En 1448 el príncipe Carlos de Viana inscribió la villa en el concejo de Lerín, al que perteneció hasta la reforma liberal del siglo XIX. Durante la segunda mitad del XIX y principios del XX, Allo vio progresar su economía, y hacia 1920 contaba con una gran fábrica de harinas, una destiladora de alcoholes y anisados y un hospital.